Sistemul plăților pentru poluarea mediului este reglementat de Legea nr. 1540/1998 privind plata pentru poluarea mediului (art. 6, 9 și 10) și include:
1)    Plata pentru emisiile de poluanți ale surselor staționare în aerul atmosferic;
2)    Plata pentru deversări de poluanți cu ape uzate:
-         în resursele de apă;
-         în rezervoare receptoare, câmpuri de filtrație, colectoarele canalelor de scurgere pentru must de dejecții animaliere;
-         cu evacuările de apă din bazinele piscicole și cu scurgerile din averse de pe teritoriul întreprinderilor (ape meteorice):
3)    Plata pentru depozitarea deșeurilor în amplasamente autorizate (depozite de deșeuri).

Subiecții impunerii plăților pentru poluarea mediului sunt persoanele fizice și juridice care desfășoară activitate de întreprinzător, a căror activitate economică generează emisii de poluanți în aerul atmosferic, deversări de poluanți în ape, precum și operatorii depozitelor de deșeuri.

Plățile pentru poluarea mediului se calculează de sine stătător de către poluatori și se achită la bugetul de stat anual, pînă la data de 25 a lunii februarie a anului următor de gestiune, cu prezentarea Dării de seamă respective Serviciului Fiscal de Stat. Formularul și modul de completare a dării de seamă către Serviciul Fiscal de Stat privind plata pentru poluare pentru emisiile și deversările de poluanți și depozitarea deșeurilor (Formularul EMPOLDEP19) sunt aprobate prin Ordinul Ministrului agriculturii, dezvoltării regionale și mediului nr. 15 din 22.01.2019 (https://www.legis.md/cautare/getResults?doc_id=112519&lang=ro).

Evidenţa obligaţiilor şi urmărirea restanţelor la plăţile pentru poluarea mediului sunt exercitate de către Serviciul Fiscal de Stat. Funcţia de control asupra corectitudinii calculului şi plenitudinii virării la buget a plăţilor pentru poluarea mediului este exercitată de către inspecțiile pentru protecția mediului.

Este reglementată de art. 11 din Legea nr. 1540/1998 privind plata pentru poluarea mediului și se aplică pentru următoarele categorii de mărfuri: 
1)    mărfurile indicate în anexa nr. 8 la Legea nr. 1540/1998; 
2)    ambalajul primar din materiale plastice (clasificat la poziţiile tarifare  3923 21 000, 3923 29 şi 3923 30) care conține produse; 
3)    ambalajul primar compozit care conține produse; 
4)    ambalajul primar din aluminiu (clasificat la poziţia tarifară 7612) care conține produse. 

Sunt obligați să achite taxa persoanele juridice, indiferent de tipul de proprietate şi forma juridică de organizare, şi persoanele fizice care desfăşoară activitate de întreprinzător, sub orice formă stabilită de legislație, care produc, importă sau procură de la persoane fizice și juridice de pe teritoriul Republicii Moldova care nu au relaţii fiscale cu sistemul bugetar al acesteia mărfurile (indicate mai sus) ce cauzează poluarea mediului în procesul utilizării. 

Cota taxei pentru mărfurile ce cauzează poluarea mediului în procesul utilizării este stabilită în art. 11 și Anexa nr. 8 la Legea nr. 1540/1998 privind plata pentru poluarea mediului. 

Taxa pentru mărfurile, care în procesul utilizării cauzează poluarea mediului se calculează de sine stătător de către plătitori și se achită la bugetul de stat lunar, până la data de 25 a lunii imediat următoare lunii de gestiune, cu prezentarea Dării de seamă respective Serviciului Fiscal de Stat. Formularul și modul de completare a dării de seamă către Serviciul Fiscal de Stat privind taxa pentru mărfurile, care în procesul utilizării cauzează poluarea mediului (Formularul POLMED17) sunt aprobate prin Ordinul Ministrului Finanțelor nr. 5 din 11.01.2017 (https://www.legis.md/cautare/getResults?doc_id=105100&lang=ro). 

Evidenţa obligaţiilor, urmărirea restanţelor și controlul asupra corectitudinii calculului şi plenitudinii virării la buget a taxelor pentru mărfurile, care în procesul utilizării cauzează poluarea mediului sunt exercitate de către Serviciul Fiscal de Stat. 

Sunt scutite de taxa pentru mărfurile, care în procesul utilizării cauzează poluarea mediului: 
1)    mărfurile importate şi/sau livrate din contul împrumuturilor şi granturilor acordate Guvernului, sau acordate cu garanţie de stat, din contul împrumuturilor acordate de organismele financiare internaţionale (inclusiv din cota-parte a Guvernului), destinate realizării proiectelor respective, precum şi din contul granturilor acordate instituţiilor finanţate de la buget, conform listei aprobate de către Guvern; 
2)    mărfurile destinate proiectelor de asistenţă tehnică, realizate pe teritoriul Republicii Moldova de către organizaţiile internaţionale şi ţările donatoare în cadrul tratatelor la care Republica Moldova este parte, conform listei aprobate de către Guvern; 
3)    mărfurile destinate acordării de asistenţă în caz de calamitate naturală, de conflict armat şi în alte situaţii excepţionale, precum şi mărfurile primite în calitate de ajutoare umanitare în modul stabilit de către Guvern; 
4)    mărfurile și ambalajele destinate exportului; 
5)    ambalajul aferent medicamentelor prevăzute de Legea nr. 1409/1997 cu privire la medicamente, precum şi ambalajul aferent dispozitivelor medicale prevăzute de Legea nr. 102/2017 cu privire la dispozitivele medicale; 
6)    ambalajul aferent pâinii şi produselor de panificaţie, clasificat la pozițiile tarifare 1901 20 000, 1905 40, 1905 90 300, 1905 90 600 și 1905 90 900, ambalate în ambalajul primar din materiale plastice (clasificat la poziţiile tarifare   3923 21 000, 3923 29 şi 3923 30) și ambalajul primar compozit (clasificat la poziția tarifară 4819 20 000); 
7)    mărfurile introduse pe teritoriul vamal al țării de către persoanele fizice și juridice de pe teritoriul Republicii Moldova care nu au relații fiscale cu sistemul bugetar al acesteia, înregistrate la Camera Înregistrării de Stat a Republicii Moldova, cu condiția rămânerii mărfurilor respective pe teritoriul necontrolat de către organele constituționale ale Republicii Moldova; 
8)    mărfurile care, în procesul utilizării, cauzează poluarea mediului fabricate pe teritoriul RM și la a căror producere au fost utilizate, în calitate de materie primă și/sau materiale, mărfurile indicate în anexa nr. 8 la Legea nr. 1540/1998; 
9)    ambalajul primar din materiale plastice (clasificat la poziţiile tarifare  3923 21 000, 3923 29 şi 3923 30), ambalajul primar compozit (clasificat la poziția tarifară 4819 20 000) sau ambalajul primar din aluminiu (clasificat la poziţia tarifară 7612), cu condiția că ambalajele menționate au fost procurate de la persoane fizice și juridice de pe teritoriul Republicii Moldova, cu excepția celor care nu au relaţii fiscale cu sistemul bugetar al acesteia, sau au fost anterior importate ori au fost fabricate cu utilizarea, în calitate de materie primă și/sau materiale, a mărfurilor indicate în anexa nr. 8 la Legea nr. 1540/1998.